Nama Program Studi ialah Program Studi S3 (Doktor) Pendidikan Bahasa Arab UIN Sunan Kalijaga yang telah disetujui berdirinya oleh Kementerian Agama Republik Indonesia dengan SK Kementerian Agama RI Nomor: 647 Tahun 2019. Pembukaan Program Studi S3 (Doktor) Pendidikan Bahasa Arab ini merupakan pengembangan lebih lanjut dari Prodi S2 (Magister) Pendidikan Bahasa Arab FITK UIN Sunan Kalijaga dengan mempertimbangkan tantangan keilmuan dan teknologi modern, ketersediaan dosen, serta kebutuhan secara nasional. Dosen Tetap Program Studi (DPTS) sejumlah 5 orang dosen ditambah dosen tidak tetap yang berasal dari UGM, UNY, dan dosen dari kampus luar negeri.  Prodi S3 (Doktor) PBA ini sesuai Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) berada di jenjang 9 (sembilan). Jumlah matakuliah di Program Studi S3 (doktor) PBA ada 18 matakuliah dengan rincian 2 matakuliah merupakan matakuliah universitas  dan fakultas, 7 matakuliah program studi, 2 matakuliah peminatan dan  7 matakuliah penelitian dan disertasi. Secara keseluruhan berjumlah 54 sks. Lembaga mitra terdiri atas dua; lembaga mitra dalam negeri dan lembaga mitra luar negeri. Lembaga mitra dalam negeri adalah kampus UGM, UNY, UPI, UIN Syarif Hidayatullah, UIN Malang,  UM dan kampus lain yang sesuai dengan visi prodi. Lembaga mitra luar negeri adalah kampus- kampus luar negeri sesuai dengan visi prodi, yaitu kampus yang di Timur Tengah Suez Canal University, Souse University, Muhammad Ibn Suud University, Zaituna University dan Amman Univrsity. Kampus yang di Jerman Leibziq Zuniversity dan kampus-kampus di wilayah Asia Tenggara yang di dalanya terdapat prodi PBA.