Kebijakan Internal
- Surat Keputusan Rektor Nomor 1.463 Tahun 2018 tentang Pedoman Akademik Program Magister dan Doktor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
- Surat Keputusan Rektor (Dekan a.n. Rektor) Nomor 35.4/Ty Tahun 2020 tentang Buku Pedoman Akademik Program Doktor Pendidikan Bahasa Arab (PBA) Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 87 Tahun 2021 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Jalur Ujian Tulis, Non Tes Dan Portofolio Serta Doktor (S3) Gelombang I Semester Gasal.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 154 Tahun 2021 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 2 Semester Gasal.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 198 Tahun 2021 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 1 Semester Genap.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 13.1 Tahun 2021 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 2 Semester Genap.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 88 Tahun 2022 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 1 Semester Gasal.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 150.1 Tahun 2022 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 2 Semester Gasal.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 195.1 Tahun 2022 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 1 Semester Genap.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 15 Tahun 2022 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 2 Semester Genap.
- Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor: 87 Tahun 2023 Tentang Penetapan Calon Mahasiswa Baru Program Magister (S2) Dan Doktor (S3) Gelombang 1 Semester Gasal.
Kebijakan Eksternal
- Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional Bab V Pasal 19.
- Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi Bab 2 Pasal 3.
- Peraturan Pemerintah Nomor 4 Tahun 2014 tentang Penyelenggaraan Pendidikan Tinggi dan Pengelolaan Perguruan Tinggi Bab 3 Pasal 22.
- Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 46 Tahun 2017 tentang Pendidikan Khusus dan Pendidikan Layanan Khusus pada Pendidikan Tinggi Bab 3 Pasal 3.
- Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 44 Tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi Bab 3 Pasal 5.
- Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 75 Tahun 2016 tentang Layanan Informasi Publik di Lingkungan Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Bab 1 Pasal 1.
- Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 6 Tahun 2020 tentang Penerimaan Mahasiswa Baru Program Sarjana pada Perguruan Tinggi Negeri (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2020 Nomor 50) Bab 2.
- Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 46 Tahun 2017 Tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 2013 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta Bab 1 Pasal 1.
- Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 40 Tahun 2014 Tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Agama Nomor 22 Tahun 2014 Tentang Statuta Universitas Islam Negeri Yogyakarta Pasal 13.